万方查重后，论文修改方向主要包括：1.重新整理结构，调整段落顺序，增加逻辑连贯性；2.替换或重写重复、雷同的内容；3.增加原创观点和研究成果；4.修改语言表达，提升学术性和专业性。此外，还可以通过增加案例分析、扩充讨论部分等方式进行论文修改。

在进行万方查重后的论文修改时，需要注意几个方向：1.避免简单地修改词句，要注重调整结构和内容；2.注意保持原文思想和观点，避免篡改原意；3.参考导师或专家的建议，及时沟通交流；4.使用专业的论文修改软件辅助修改，确保修改的准确性和规范性。通过系统性、全面性地修改，可以有效提高论文的质量和学术水平。